В июне 1997 года в г. Владимире проходило заседание Учебно-методического объединения по экологическому образованию министерства образования РФ. На этом заседании была поддержана инициатива факультета географии и геоэкологии Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ) о создании в его структуре кафедры «Экологической безопасности и устойчивого развития регионов».

Большую помощь в создании кафедры оказали ученые и преподаватели биолого-почвенного, геологического, химического и экономического факультетов, а также факультета прикладной математики и процессов управления и других подразделений СПбГУ. В рамках Федеральной Целевой программы «Интеграция высшей школы и Российской академии наук» был создан учебно-научный Центр «Экологическая безопасность», в работе которого активное участие принимали сотрудники Санкт-Петербургского научно-исследовательского Центра экологической безопасности РАН (НИЦЭБ РАН) и профессорско-преподавательский состав нескольких кафедр факультета географии и геоэкологии, из которых и был сформирован состав новой кафедры.

У истоков основания кафедры стоял акад. К. Я. Кондратьев, который проводил семинары для студентов СПбГУ совместно с международным Центром по космическому зондированию им. Ф. Нансена по проблемам глобальной экологии, причинно-следственным связям формирования и путям преодоления глобального экологического кризиса, устойчивому развитию цивилизации.

Первыми преподавателями кафедры были профессора В. К. Донченко, В. В. Растоскуев, доценты Г. М. Воропаева, С. А. Черникова, Д. А. Славинский.

В начале своего пути кафедра экологической безопасности и устойчивого развития регионов приступила к подготовке специалистов по двум экологическим специализациям: «Экологическая безопасность» и «Менеджмент и маркетинг в экологии».

В 2003 году Межпарламентской Ассамблеей государств участников СНГ был принят модельный закон об экологической безопасности, концепция и проект которого был совместно разработан сотрудниками кафедры и НИЦЭБ РАН. В этом модельном законе впервые в качестве предмета правового регулирования экологических отношений были приняты гарантии экологической безопасности. 

В 2008 году СПбГУ стал координатором совместного международного проекта международной программы TEMPUS «Совершенствование образования в области экологического менеджмента», консорциум состоял из 13 университетов и организаций из 9 стран. Результатом этого проекта явилась международная магистерская программа «Экологический менеджмент», реализуемая кафедрой и в настоящее время.

Знаменательным событием в развитии кафедры можно считать создание ресурсного Центра СПбГУ «Обсерватория экологической безопасности» в 2013 году. Активное участие в работе по разработке концепции и созданию Центра принимал проф. и заведующий кафедрой В. К. Донченко.

Сегодня кафедра участвует в нескольких образовательных программах СПбГУ и координирует магистерскую программу «Экологический менеджмент». Её цель - формирование теоретических знаний и практических навыков управления качеством окружающей среды в промышленности и региональном развитии.

Научная работа кафедры сфокусирована на разработке стратегических планов и программ развития территорий, обеспечения охраны окружающей среды при планировании, проектировании и осуществлении хозяйственной деятельности, создания и развития систем корпоративного экологического менеджмента и экологической безопасности. Ученые кафедры реализуют престижные научные проекты РФФИ, фонда Гумбольта, Европейской Комиссии.