В течение десятилетий учебная и научная деятельность  преподавателей кафедры осуществляется  в содружестве с Русским географическим обществом,  ведущими научно-исследовательскими институтами Российской академии наук, Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (Росгидромет),  Федерального Агентства по рыболовству, а также с коммерческими организациями, специализирующимися в области рыбного промысла, инженерно-гидрометеорологических и инженерно-экологических изысканий.

В рамках партнёрства с научно-исследовательскими институтами и производственными предприятиями гидрометеорологического профиля сотрудниками кафедры организуются учебные и производственные практики студентов, решаются вопросы трудоустройства выпускников, обсуждаются и выполняются темы курсовых и выпускных квалификационных работ бакалавров, магистров, аспирантов; осуществляется совместная работа по грантам, научно-исследовательским и договорным работам.

Тесные контакты сложились у кафедры с научно-исследовательскими институтами и региональными управлениями Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (Росгидромет):

• Арктическим и Антарктическим научно-исследовательским институтом (ААНИИ), который в разное время возглавляли заведующие кафедрой океанологии В. Х. Буйницкий, А. Ф. Трёшников. Сегодня около 40 выпускников кафедры работают в ААНИИ. На протяжении многих лет преподаватели, аспиранты и студенты кафедры принимают участие в морских арктических и антарктических экспедициях этого института.
• Государственным океанографическим институтом им. Н.Н. Зубова и его Санкт-Петербургским отделением, которое возглавляет нынешний зав. кафедры океанологии проф. Е. А. Захарчук;
• Северо-западным управлением Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (СЗ УГМС)

Сотрудничество осуществляется также со следующими научно-исследовательскими и образовательными центрами:

• Российский Государственный гидрометеорологический университет (РГГМУ, Санкт-Петербург)
• Международный центр по окружающей среде и дистанционному зондированию имени Нансена (фонд “Нансен-центр”), Санкт-Петербург.

▪Институты Российской академии наук:

Институт океанологии им. П.П. Ширшова (ИО РАН, Москва),
Санкт-Петербургский филиал института океанологии им. П.П. Ширшова (Санкт-Петербург),
Атлантическое отделение института океанологии им. П.П. Ширшова (Калининград)
Тихоокеанский океанологический институт им. В.И. Ильичева Дальневосточного отделения РАН (Владивосток),
Морской гидрофизический институт РАН (г. Севастополь);
Институт водных проблем Севера Карельского Научного Центра РАН (г. Петрозаводск)

▪Научно-исследовательские институты Федерального Агентства по рыболовству

Тихоокеанский научно-исследовательский рыбохозяйственный центр (ТИНРО-Центр),
Полярный научно-исследовательский институт морского рыбного хозяйства и океанографии им.Н.М.Книповича (ПИНРО),
Сахалинский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (СахНИРО),
Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО),
Атлантический научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (АтлантНИРО),
Государственный научно-исследовательский институт озерного и речного рыбного хозяйства (ГосНИОРХ).

▪Коммерческие рыбопромысловые и инженерно-изыскательские компании

▪Проектные институты и организации, осуществляющие работы по укреплению берегов, строительству портов, морских каналов, дамб, строительству морских платформ и трубопроводов

• Зарубежные образовательные и научные учреждения

Азорский университет (Азорские острова)
Университет Бергена (Норвегия)
Университет Тромсё (Норвегия)
Лиссабонский университет (Португалия)
Cooperative Institute for Marine and Atmospheric Studies, University of Miami and NOAA, USA
Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory, USA